Mens de fleste kystbyene er oppstått rundt naturgitte gode havneforhold kan dette ikke sies å være tilfelle når det gjelder Bodø. Selv om det var havna som fra gammelt av la grunnlaget for tettstedet, og senere byen, på Hundholmen var dette til tross for en naturstridig beliggenhet nærmest ubeskyttet mot vest og storhavet.
Med sin sentrale beliggenhet midt i skipsleie har havna fra tidligste tider vært flittig benyttet både som havn for fiskeflåten så vel som for den generelle kystfart. I slutten av 1880-årene hadde havna en vesentlig betydning for trelastfarten på Arkangelsk. Samme tidsepoke foregikk de store sildefiskeriene, og kravet om forbedring av havneforholdene, herunder bygging av molo, ble stadig sterkere. Som en liten kuriositet kan nevnes at det i 1882 rundt Bodø ble fisket opp sild for den enorme summen, av den gang, 4 mill.kr. Denne fiskeflåten besto av ca. 1000 fartøyer fordelt på 150 notlag og 400 kjøpefartøyer. Det var derfor ikke sjelden at det kunne ligge rundt 500 fartøyer samtidig på havna. Man kan da forestille seg hva som skjedde når det blåste opp til sterk sydvest kuling uten molodekning. Behovet for en molo var derfor udiskutabel, og hadde meldt seg alt ganske tidlig i det 18.århundret. Utdragning i tid hadde sin årsak i at man diskuterte hvor moloen skulle ligge og i hvilken retning den skulle gå, samt valg av byggematerialer. Etter mye fram og tilbake ble byggingen påbegynt i 1892. Det var Statens havnevesen som bygget Bodø molo, som var Norges første rausmolo. Det ble heller ikke spart på mannskapsstyrken under byggingen, til tider var der 100 mann i arbeid og dette var en av de aller første arbeidsplasser hvor arbeiderne var ulykkesforsikret. Da moloen sto ferdig i 1904 var den totale kostnaden kommet opp i kr 684.654,97, hvorav Bodø by hadde bidratt med kr 29.500,-. I årene 1904 til 1906 ble også den første oppmudringen av havna foretatt. Nå endelig, etter århundrer, hadde byen fått en sikker og god havn.
Byens havnevesen ble organisert i 1856 av Ole M.Groth (f.1815 i Kristiansund). Han var selv byens første havnefogd i tillegg til å være borgermester hele fem ganger i årene 1856 og fram til sin død, etter et uhell ved Nordstranda, i 1872.
Ved krigsutbruddet i 1940 hadde Bodø havnevesen en samlet kailengde på 330 m, foruten en del mindre almennings- og landgangskaier. I tillegg utgjorde privateide kaier ca. 500 m. Kaiene var hovedsakelig bygd i tre og ved krigshandlingene i 1940 brant samtlige av disse trekaiene og bryggene ned. Da krigen endelig sluttet sto derfor havnevesenet ribbet tilbake. Ikke bare hadde man tapt store havneavgifter i disse 5 årene, men kaidekke og fenderverk var sterkt nedslitte og vareskur og anlegg lå i aske. Det eneste aktivum som ble igjen etter krigen var en 80 m lang trekai som tyskerne hadde bygd nedenfor torget.
Fra 1945 har derfor Bodø havnevesen stadig holdt på med gjenoppbygging og utvidelser av kaier og vareskur.