Med sin sentrale beliggenhet midt i skipsleia har havna fra tidligste tider vært flittig benyttet både som havn for fiskeflåten så vel som for den generelle kystfart. I slutten av 1880-årene hadde havna en vesentlig betydning for trelastfarten på Arkangelsk. I samme tidsepoke foregikk de store sildefiskeriene, og kravet om forbedring av havneforholdene, herunder bygging av molo, ble stadig sterkere. 

Som en liten kuriositet kan nevnes at det i 1882 rundt Bodø ble fisket opp sild for den enorme summen av, den gang, 4 mill.kr. Denne fiskeflåten besto av ca. 1000 fartøyer fordelt på 150 notlag og 400 kjøpefartøyer. Det var derfor ikke sjelden at det kunne ligge rundt 500 fartøyer samtidig på havna.

Man kan da forestille seg hva som skjedde når det blåste opp til sterk sydvest kuling uten molodekning. Behovet for en molo var derfor udiskutabel, og hadde meldt seg alt ganske tidlig i det 18.århundret. Utdragning i tid hadde sin årsak i at man diskuterte hvor moloen skulle ligge og i hvilken retning den skulle gå, samt valg av byggematerialer. 

Etter mye fram og tilbake ble byggingen påbegynt i 1892. 
Det var Statens havnevesen som bygget Bodø molo, som var Norges første rausmolo. Det ble heller ikke spart på mannskapsstyrken under byggingen, til tider var der 100 mann i arbeid og dette var en av de aller første arbeidsplasser hvor arbeiderne var ulykkesforsikret. Da moloen sto ferdig i 1904 var den totale kostnaden kommet opp i kr 684.654,97, hvorav Bodø by hadde bidratt med kr 29.500,-. I årene 1904 til 1906 ble også den første oppmudringen av havna foretatt. Nå endelig, etter århundrer, hadde byen fått en sikker og god havn.

Byens havnevesen ble organisert i 1856 av Ole M.Groth (f.1815 i Kristiansund). Han var selv byens første havnefogd i tillegg til å være borgermester hele fem ganger i årene 1856 og fram til sin død, etter et uhell ved Nordstranda, i 1872.

Ved krigsutbruddet i 1940 hadde Bodø havnevesen en samlet kailengde på 330 m, foruten en del mindre almennings- og landgangskaier. I tillegg utgjorde privateide kaier ca. 500 m. Kaiene var hovedsakelig bygd i tre og ved krigshandlingene i 1940 brant samtlige av disse trekaiene og bryggene ned. Da krigen endelig sluttet sto derfor havnevesenet ribbet tilbake. Ikke bare hadde man tapt store havneavgifter i disse 5 årene, men kaidekke og fenderverk var sterkt nedslitte og vareskur og anlegg lå i aske. Det eneste aktivum som ble igjen etter krigen var en 80 m lang trekai som tyskerne hadde bygd nedenfor torget.  


Fra 1945 har derfor Bodø havnevesen stadig holdt på med gjenoppbygging og utvidelser av kaier og vareskur. Samlet kailengde er i dag ca 1500m offentlig og 1120m private kaier. Oppfylling av Rønvikleira og oppmudring av bukta på slutten av 70- tallet har gitt havna et nytt havnebasseng foruten at byen har fått nye, stor og verdifulle tomter til industriutnyttelse.

I 1988 sto fergeleiet for den nye Vestfjordferga ferdig.

Bodø havnevesen har de siste to årene prioritert utbygging av det indre havneområdet. Denne utbyggingen omfatter båthavn for fritidsbåter og mindre fiskefartøy, samt gjestebrygge. Våren -89 la havnevesenet ut bølgedempere i betong i indre havn med helårsplass til ca 500 fritidsbåter, og våren -90 ble det lagt ut ny pir i Molobukta med innskuddsplasser til ca 60 båter. Man regnet med dette å ha dekket det eksisterende behov for fritidsbåter i Bodø.
 
Utvidelsen av gjestehavna dekker et lenge følt savn og er til stor glede for såvel båter fra Bodø`s egne øydistrikter som for anløpende fiskefartøyer og fritidsbåter. Kapasiteten for gjestende båter er økt til ca 70, og for å bedre servicen er det lagt ut et stort antall strømuttak og vannposter. Det var med stolthet Bodø mottok prisen som "Årets båtkomunne" i 1989.

I samarbeid med Kystverket foretok man i 1990 reparasjon og oppbygging av moloen. Vind, vær og sjø hadde i årenes løp fart ille med den snart hundre år gammle moloen. Den hadde seget kraftig og var i dårlig forfatning med sprekkdannelser, forvittringer og utvasket masse. Bortsett fra en stormskade i 1907 og en mineskade i 1949 hadde det ikke vært foretatt nevneverdige reparasjoner.

 
Mot bysiden er det en godt etablert salgskai for salg av ferske reker, fisk m.v. Her planlegger man er overbygg over selve flåten for å gjøre området enda mer atraktivt.
Skipsanløp av Bodø havn i 1990 var 7.551, hvorav 158 marinefartøy og 101 andre statsfartøy. Videre anløp 19 utenriks skip og Kystrute/Lokalruteskipene sto for tilsammen 3.293 anløp. Det ble i 1990 fraktet 201.273 passasjerer over kai i Bodø, og godsmengden var 525.635 tonn innenriks og 7.886 tonn utenriks.

I den nye fiskerihavneplanen for Norge har Bodø fått status som Ahavn. Dette er en forpliktelse havna vil leve opp til, - og som man allerede  har tatt konsekvensene av. Man er i denne anledning kommet langt i planleggingen av en helt ny fiskerihavn i Bodø`s indre havneområde. Her er tenkt bygd en molo og i første rekke fasiliteter for mottak, oppbevaring og deredling av bl.a. større sildefangster og f.eks. klippfisktørking.

Bodø by er et knutepunkt for all samferdsel med bl.a. jernbanespor helt ut på kaikanten. Man vil derfor satse på en videreutvikling av dette unike tilbudet for videreeksport av fiskeprodukter. I tillegg er Bodø også godt rustet innen annen servicenæring tilknyttet fiskeflåten.

Meget er gjort og meget er under arbeid, og det tør påstås at havna er byens ansikt- utad og innad - den store pulsåre som skal formidle all sjøverts trafikk og handel. Det gjelder derfor at den kan følge utviklingen og helst ligge et par steg foran både hva tidsmessige havneanlegg, utstyr og service angår. Bodø havn vil være en viktig nøkkel til videre utvikling av byens trivsel og næringsliv.