Bodø Havn er et kommunalt foretak som eies av Bodø kommune. Bodø bystyre er havnens øverste organ. Bodø Havn ledes av Bodø havnestyre. Den daglige driften av havnen forestås av havneadministrasjonen med en havnedirektør som leder. Bodø Havn har 17 fast ansatte
Foretakets organisasjon består av følgende avdelinger:

Drift, bestående av havneoppsynet og driftsavdeling

Havneoppsynet har ansvar for drift av havnen i form av løpende håndtering av skipstrafikken,fortøyningstjenester, bruk og utnyttelse av kaiareal, vann og strøm til skip, håndheving av ISPS-reglement og står også for forvaltning etter havne- og farvannsloven. Havneoppsynet fakturerer også anløpsavgift, kaivederlag og for skipsrelaterte tjenester. Bodø Havn er bemannet 24 timer i døgnet, ved at den på natten er betjent av innleid eksternt vaktselskap.

Driftsavdelingen har ansvar for drift, vedlikehold og sikkerhet over på hva havnen forvalter av areal, kaier, flytende installasjoner og øvrig infrastruktur og bygg. I tillegg har driftsavdelingen ansvar for noe rehabilitering av bygg, nyutbygging av kai, ivaretaking av utstyr, vaktmesterordning. Avdelingen utfører plan, utredning og analysearbeid.

Økonomi- og administrasjon

Økonomi- og administrasjonsseksjonen har ansvar for, økonomi, regnskap, lønn, IKT, personal, organisasjonsutvikling og HMS, og servicesenter. Administrasjonen håndterer også eiendom, innkjøp, plan- og byggeprosjekter på overordnet plan, kundekontakt eiendom og prosjekter.

Utvikling- og kommunikasjon

Utvikling- og kommunikasjonsseksjonen har ansvar for utviklingsarbeid, kommunikasjon, informasjon, markedsføring, kundekontakt marked.

Bodø Havns øverste myndighet er Bodø bystyre, og deretter havnestyret.